### R code from vignette source 'usingr' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: usingr.rnw:2-6 ################################################### options( width=90, # prompt=" ", continue=" ", SweaveHooks=list( fig=function() par(mar=c(3,3,1,1),mgp=c(3,1,0)/1.6,las=1,bty="n") ) ) ################################################### ### code chunk number 2: usingr.rnw:228-230 ################################################### x <- 1:10 x ################################################### ### code chunk number 3: usingr.rnw:247-258 ################################################### sum(x) sd(x) diff(x) cumsum(x) rev(x) x > 7 x >= 7 sin(x) pi sin(pi*x) sin(pi*x)==0 ################################################### ### code chunk number 4: totry.rnw:19-20 ################################################### a <- 2+2 ################################################### ### code chunk number 5: totry.rnw:26-27 ################################################### 2+2 -> a ################################################### ### code chunk number 6: totry.rnw:34-35 ################################################### pnorm(1.96) ################################################### ### code chunk number 7: totry.rnw:38-39 ################################################### pchisq(3.84,1) ################################################### ### code chunk number 8: totry.rnw:43-44 ################################################### pchisq(3.84,1,lower.tail=FALSE) ################################################### ### code chunk number 9: totry.rnw:69-70 ################################################### v <- c(4, 6, 1, 2.2) ################################################### ### code chunk number 10: totry.rnw:81-82 ################################################### m <- list(4, 6, "name of company") ################################################### ### code chunk number 11: totry.rnw:90-93 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chunk number 17: totry.rnw:178-179 (eval = FALSE) ################################################### ## ?births ################################################### ### code chunk number 18: totry.rnw:188-189 ################################################### str(births) ################################################### ### code chunk number 19: totry.rnw:199-200 ################################################### data(diet) ################################################### ### code chunk number 20: totry.rnw:208-209 ################################################### rm(diet) ################################################### ### code chunk number 21: totry.rnw:220-221 ################################################### births[1,"bweight"] ################################################### ### code chunk number 22: totry.rnw:225-226 ################################################### births[2,"bweight"] ################################################### ### code chunk number 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################################################### ### code chunk number 29: totry.rnw:296-298 ################################################### births <- transform( births, hyp=factor(hyp) ) str(births) ################################################### ### code chunk number 30: totry.rnw:304-307 ################################################### births <- transform( births, hyp = factor(hyp,labels=c("normal","hyper")) ) str(births) ################################################### ### code chunk number 31: totry.rnw:327-330 ################################################### data( births ) stat.table( hyp, data=births ) stat.table( sex, data=births ) ################################################### ### code chunk number 32: totry.rnw:334-335 ################################################### stat.table( list(hyp,sex), data=births ) ################################################### ### code chunk number 33: totry.rnw:352-356 ################################################### births <- transform(births, agegrp=cut(matage, breaks=c(20,30,35,40,45), right=FALSE) ) stat.table( agegrp, data=births ) ################################################### ### code chunk number 34: totry.rnw:367-371 ################################################### births <- transform( births, agegrp=cut(matage, breaks=c(20,30,35), right=FALSE) ) summary(births) ################################################### ### code chunk number 35: totry.rnw:378-382 ################################################### births <- transform( births, agegrp=cut(matage, breaks=5, right=FALSE) ) stat.table( agegrp, data=births, margins=TRUE ) ################################################### ### code chunk number 36: totry.rnw:401-402 ################################################### stat.table(sex, mean(bweight), data=births) ################################################### ### code chunk number 37: totry.rnw:405-408 ################################################### stat.table( sex, list("Mean birth weight"=mean(bweight)), data=births ) ################################################### ### code chunk number 38: totry.rnw:412-416 ################################################### stat.table( list(sex), mean(bweight), margins=TRUE, data=births ) ################################################### ### code chunk number 39: totry.rnw:419-423 ################################################### stat.table( list(sex,hyp), list(count(), mean(bweight)), data=births ) ################################################### ### code chunk number 40: totry.rnw:430-433 ################################################### stat.table( hyp, list("odds"=ratio(lowbw,1-lowbw,100)), data=births) ################################################### ### code chunk number 41: totry.rnw:437-441 ################################################### stat.table(sex, mean(bweight), margins=TRUE, data=births ) ################################################### ### code chunk number 42: totry.rnw:444-447 ################################################### stat.table(list(sex,hyp),mean(bweight),data=births,margins=c(TRUE,FALSE)) stat.table(list(sex,hyp),mean(bweight),data=births,margins=c(FALSE,TRUE)) stat.table(list(sex,hyp),mean(bweight),data=births,margins=TRUE) ################################################### ### code chunk number 43: totry.rnw:480-484 ################################################### births <- transform(births, num1=1, num2=2, logbw=log(bweight)) ################################################### ### code chunk number 44: totry.rnw:495-497 ################################################### low <- births$bweight<2000 str( low ) ################################################### ### code chunk number 45: totry.rnw:510-511 ################################################### births$bweight[births$hyp=="hyper"] ################################################### ### code chunk number 46: totry.rnw:514-515 ################################################### births[births$hyp=="hyper",] ################################################### ### code chunk number 47: totry.rnw:519-520 ################################################### subset(births, hyp=="hyper") ################################################### ### code chunk number 48: totry.rnw:532-535 ################################################### library(Epi) data(births) sweave.wd <- getwd() ################################################### ### code chunk number 49: totry.rnw:548-550 ################################################### sink("output.txt") summary(births) ################################################### ### code chunk number 50: totry.rnw:560-561 ################################################### sink() ################################################### ### code chunk number 51: totry.rnw:582-583 ################################################### save(births, file="births.Rdata") ################################################### ### code chunk number 52: totry.rnw:589-590 ################################################### load("births.Rdata") ################################################### ### code chunk number 53: totry.rnw:600-601 ################################################### search() ################################################### ### code chunk number 54: totry.rnw:607-610 ################################################### objects() ls() lls() ################################################### ### code chunk number 55: totry.rnw:613-614 ################################################### objects(2) ################################################### ### code chunk number 56: totry.rnw:636-637 ################################################### attach(births) ################################################### ### code chunk number 57: totry.rnw:641-642 ################################################### objects(2) ################################################### ### code chunk number 58: totry.rnw:649-650 ################################################### hyp ################################################### ### code chunk number 59: totry.rnw:659-660 ################################################### subgrp <- bweight[hyp==1] ################################################### ### code chunk number 60: totry.rnw:664-666 ################################################### objects(1) objects(2) ################################################### ### code chunk number 61: totry.rnw:677-679 ################################################### attach(births) search() ################################################### ### code chunk number 62: totry.rnw:684-685 ################################################### detach(births) ################################################### ### code chunk number 63: totry.rnw:722-724 ################################################### library(Epi) data(births) ################################################### ### code chunk number 64: totry.rnw:727-729 ################################################### attach(births) hist(bweight) ################################################### ### code chunk number 65: totry.rnw:732-733 (eval = FALSE) ################################################### ## ?hist ################################################### ### code chunk number 66: totry.rnw:736-737 ################################################### hist(bweight, col="gray", border="white") ################################################### ### code chunk number 67: totry.rnw:740-741 ################################################### plot(gestwks, bweight) ################################################### ### code chunk number 68: totry.rnw:745-746 ################################################### plot(1:25, pch=1:25) ################################################### ### code chunk number 69: totry.rnw:749-752 ################################################### plot( rep(1:5,5), rep(1:5,each=5), pch=1:25, cex=5, xlim=c(0,6), ylim=c(0,6), lwd=4 ) text(rep(1:5,5)+0.3, rep(1:5,each=5), 1:25 ) ################################################### ### code chunk number 70: totry.rnw:757-758 ################################################### plot(matage, bweight) ################################################### ### code chunk number 71: totry.rnw:761-762 ################################################### plot(matage, bweight, xlab="Maternal age", ylab="Birth weight (g)") ################################################### ### code chunk number 72: totry.rnw:773-774 ################################################### plot(gestwks, bweight, pch=16, col="green") ################################################### ### code chunk number 73: totry.rnw:780-781 ################################################### points(gestwks, bweight) ################################################### ### code chunk number 74: totry.rnw:793-794 ################################################### plot(gestwks, bweight, type="n") ################################################### ### code chunk number 75: totry.rnw:800-802 ################################################### points(gestwks[sex==1], bweight[sex==1], col="blue") points(gestwks[sex==2], bweight[sex==2], col="red") ################################################### ### code chunk number 76: totry.rnw:805-806 (eval = FALSE) ################################################### ## legend("topleft", pch=1, legend=c("Boys","Girls"), col=c("blue","red")) ################################################### ### code chunk number 77: totry.rnw:811-812 (eval = FALSE) ################################################### ## title("Birth weight vs gestational weeks in 500 singleton births") ################################################### ### code chunk number 78: totry.rnw:832-834 ################################################### c("blue","red") births$sex ################################################### ### code chunk number 79: totry.rnw:837-838 ################################################### c("blue","red")[sex] ################################################### ### code chunk number 80: totry.rnw:845-846 ################################################### plot( gestwks, bweight, pch=16, col=c("blue","red")[sex] ) ################################################### ### code chunk number 81: totry.rnw:851-853 ################################################### magr <- cut( matage, c(0,30,35,100) ) table( magr ) ################################################### ### code chunk number 82: totry.rnw:860-863 ################################################### plot( gestwks, bweight, pch=(15:17)[magr], col=c("blue","red")[sex] ) legend("topleft", pch=15:17, legend=levels(magr), col=1, bty="n") text( 28, 4200+0:1*200, c("Boys","Girls"), col=c("blue","red"), adj=0 ) ################################################### ### code chunk number 83: totry.rnw:874-875 ################################################### rainbow(4) ################################################### ### code chunk number 84: totry.rnw:885-887 ################################################### plot( 0:10, pch=16, cex=3, col=gray(0:10/10) ) points( 0:10, pch=1, cex=3 ) ################################################### ### code chunk number 85: totry.rnw:900-901 ################################################### plot( gestwks, bweight, pch=(15:17)[magr], col=c("blue","red")[sex] ) ################################################### ### code chunk number 86: totry.rnw:904-906 (eval = FALSE) ################################################### ## legend( locator(1), pch=15:17, legend=levels(magr), col=1, bty="n") ## text( locator(2), c("Boys","Girls"), col=c("blue","red"), adj=0 ) ################################################### ### code chunk number 87: totry.rnw:917-918 (eval = FALSE) ################################################### ## identify( gestwks, bweight ) ################################################### ### code chunk number 88: totry.rnw:963-966 (eval = FALSE) ################################################### ## pdf(file="plot1.pdf", height=3, width=4) ## plot(gestwks, bweight) ## dev.off() ################################################### ### code chunk number 89: totry.rnw:970-973 (eval = FALSE) ################################################### ## win.metafile(file="plot1.emf", height=3, width=4) ## plot(gestwks, bweight) ## dev.off() ################################################### ### code chunk number 90: totry.rnw:986-1002 (eval = FALSE) ################################################### ## myplfn <- function() # Define the function that does the plot ## { ## plot( gestwks, bweight, pch=(15:17)[magr], col=c("blue","red")[sex] ) ## legend("topleft", pch=15:17, legend=levels(magr), col=1, bty="n") ## text( 28, 4200+0:1*200, c("Boys","Girls"), col=c("blue","red"), adj=0 ) ## } ## ## myplfn() # on the screen ## ## pdf( "plot1.pdf", height=8, width=10 ) # pdf graph ## myplfn() ## dev.off() ## ## postscript( "plot1.eps", height=8, width=10 ) # eps graph ## myplfn() ## dev.off() ################################################### ### code chunk number 91: totry.rnw:1027-1028 ################################################### par( mfrow=c(2,3) ) ################################################### ### code chunk number 92: totry.rnw:1035-1036 ################################################### par( mfrow=c(1,1) ) ################################################### ### code chunk number 93: Get the UCBAdmissions data ################################################### str(UCBAdmissions) ################################################### ### code chunk number 94: totry.rnw:1060-1061 ################################################### ftable( UCBAdmissions ) ################################################### ### code chunk number 95: Convert the 2x2x6 contingency table to a data frame ################################################### ucb <- as.data.frame( UCBAdmissions ) head(ucb) str(ucb) ################################################### ### code chunk number 96: Convert Admit to numeric coded 0/1 ################################################### ucb$Admit <- (ucb$Admit=="Rejected") * 1 ################################################### ### code chunk number 97: totry.rnw:1092-1106 ################################################### effx( Admit=="Rejected", "binary", exposure=Gender, weight=Freq, data=ucb ) effx( Admit=="Rejected", "binary", exposure=Gender, control=Dept, weight=Freq, data=ucb ) effx( Admit=="Rejected", "binary", exposure=Gender, strata=Dept, weight=Freq, data=ucb ) ################################################### ### code chunk number 98: mosaic ################################################### dimnames(UCBAdmissions)[[1]] <- c("Adm","Rej") par( mar=c(.1,1,1,.1)) mosaicplot( UCBAdmissions, sort=3:1, col=TRUE, main="", ylab = "", xlab = "", off=c(0,1,15) ) ################################################### ### code chunk number 99: totry.rnw:1185-1189 ################################################### mA <- NArray( list(resp = c("bweight","gestwks"), sex = c("M","F"), res = c("est","lo","hi","P")) ) str( mA ) ################################################### ### code chunk number 100: totry.rnw:1197-1207 ################################################### births$sex <- factor( births$sex, labels=c("M","F") ) for( is in c("M","F") ) for( ir in c("bweight","gestwks") ) { mod <- lm( births[births$sex==is,ir] ~ births[births$sex==is,"matage"] ) mA[ir,is,] <- ci.lin(mod,subset="sex")[,c("Estimate","2.5%","97.5%","P")] } round( ftable(mA), 3 ) round( ftable(mA,row.vars=2:1), 3 ) round( ftable(mA,col.vars=1:2), 3 ) ################################################### ### code chunk number 101: totry.rnw:1246-1248 ################################################### data( diet ) str( diet ) ################################################### ### code chunk number 102: totry.rnw:1253-1254 ################################################### head( diet ) ################################################### ### code chunk number 103: totry.rnw:1260-1262 ################################################### as.Date( "14/07/1952", format="%d/%m/%Y" ) as.numeric( as.Date( "14/07/1952", format="%d/%m/%Y" ) ) ################################################### ### code chunk number 104: totry.rnw:1279-1280 ################################################### newx <- pmin( diet$dox, as.Date( "1975-4-1", format="%F" ) ) ################################################### ### code chunk number 105: totry.rnw:1287-1288 ################################################### newx <- pmin( diet$dox, as.Date("1975-4-1") ) ################################################### ### code chunk number 106: totry.rnw:1291-1292 ################################################### as.Date(c("1997-02-28","1997-02-29","1997-13-29")) ################################################### ### code chunk number 107: totry.rnw:1296-1298 ################################################### bdat <- as.Date( "1952-7-14", format="%F" ) format( bdat, format="%A %d %B %Y" ) ################################################### ### code chunk number 108: totry.rnw:1306-1311 ################################################### cal.yr( as.Date(c('1970-1-1', '1971-1-1', '1972-1-1', '1973-1-1', '1974-1-1')) )