### R code from vignette source 'sbp2.rnw'

###################################################
### code chunk number 1: sbpMeth
###################################################
library( MethComp )
data( sbp )
str( sbp )
sbp <- Meth( sbp )
plot( sbp )


###################################################
### code chunk number 2: BA1
###################################################
par(mar=c(3,3,1,3),mgp=c(3,1,0)/1.6)
sbp <- subset( sbp, meth %in% c("J","R") )
str( sbp )
BA.plot( sbp, model="linked" )


###################################################
### code chunk number 3: BA2
###################################################
par(mar=c(3,3,1,3),mgp=c(3,1,0)/1.6)
BA.plot( sbp, model="linked", diflim=c(-15,15), h.grid=-8:8*2 )


###################################################
### code chunk number 4: sbp2.rnw:152-158
###################################################
m1 <- lme( y ~ meth + item,
           random=list( item = pdIdent( ~ meth-1 ),
                        repl = ~ 1 ),
           weights = varIdent( form = ~1 | meth ),
           data = sbp )
m1


###################################################
### code chunk number 5: sbp2.rnw:176-177
###################################################
BA.est( sbp, linked=TRUE )


###################################################
### code chunk number 6: noperm
###################################################
plot( sbp )


###################################################
### code chunk number 7: perm
###################################################
plot( perm.repl(sbp) )


###################################################
### code chunk number 8: sbp2.rnw:225-227
###################################################
p.sbp <- perm.repl( sbp )
BA.est( p.sbp, MxI=TRUE, linked=TRUE )


###################################################
### code chunk number 9: sbp2.rnw:241-246
###################################################
data( sbp )
sbp <- Meth( sbp, print=FALSE )
( mod.cmp <- BA.est( sbp, linked=TRUE ) )
round( ftable(mod.cmp$Conv), 4 )
round( mod.cmp$VarComp, 4 )


###################################################
### code chunk number 10: sbp2.rnw:266-268
###################################################
da.cmp <- DA.reg( sbp )
round( ftable(da.cmp$Conv), 4 )