### R code from vignette source 'oxtrans.rnw'

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### code chunk number 1: oxtrans.rnw:10-12
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library(MethComp)
library(Epi)


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### code chunk number 2: org
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data( ox )
ox <- Meth( ox )
plot( ox )


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### code chunk number 3: logit
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oxt <- transform( ox, y=log(y/(100-y)) )
plot( oxt )


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### code chunk number 4: oxtrans.rnw:87-88
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DA.reg( oxt )


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### code chunk number 5: oxtrans.rnw:107-109
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BAoxt <- BA.est( oxt )
BAoxt$LoA


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### code chunk number 6: oxtrans.rnw:122-125
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exp( BAoxt$LoA )[-4]
BAox  <- BA.est( ox  )
BAox$LoA[-4]


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### code chunk number 7: oxtrans.rnw:159-162
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DA.reg( ox, Trans="pctlogit" )
BAoxl <- BA.est( ox, Trans="pctlogit" )
BAoxl


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### code chunk number 8: oxtrans.rnw:172-176 (eval = FALSE)
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## plot( BAoxl, pl.type="conv", points=TRUE,
##              axlim=c(20,100), xaxs="i", yaxs="i" )
## plot( BAoxl, pl.type="BA"  , points=TRUE,
##              axlim=c(20,100), diflim=c(-40,40), xaxs="i", yaxs="i" )


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### code chunk number 9: conv
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plot( BAoxl, pl.type="conv", points=TRUE,
      axlim=c(20,100), xaxs="i", yaxs="i" )
par( new=TRUE )
plot( BAox , pl.type="conv", col.lines="gray",
             axlim=c(20,100), xaxs="i", yaxs="i" )


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### code chunk number 10: BA
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plot( BAoxl, pl.type="BA", points=TRUE,
      axlim=c(20,100), diflim=c(-40,40), xaxs="i", yaxs="i" )
par( new=TRUE )
plot( BAox, pl.type="BA", col.lines="gray",
             axlim=c(20,100), diflim=c(-40,40), xaxs="i", yaxs="i" )


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### code chunk number 11: oxtrans.rnw:220-224
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BAoxll  <- BA.est( ox, Trans=list( function(p) log(-log(p/100)),
                                   function(x) 100*exp(-exp(x)) ) )
BAoxcll <- BA.est( ox, Trans=list( function(p) log(-log(1-p/100)),
                                   function(x) 100*(1-exp(-exp(x))) ) )


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### code chunk number 12: conv-x
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plot( BAoxl, pl.type="conv",
      axlim=c(20,100), xaxs="i", yaxs="i" )
par( new=TRUE )
plot( BAoxll, pl.type="conv",, col.lines="blue",
      axlim=c(20,100), xaxs="i", yaxs="i" )
par( new=TRUE )
plot( BAoxcll, pl.type="conv", col.lines="red",
      axlim=c(20,100), xaxs="i", yaxs="i" )
par( new=TRUE )
plot( BAox, pl.type="conv", points=TRUE, col.lines="gray",
             axlim=c(20,100), xaxs="i", yaxs="i" )


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### code chunk number 13: BA-x
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plot( BAoxl, pl.type="BA",
      axlim=c(20,100), diflim=c(-40,40), xaxs="i", yaxs="i" )
par( new=TRUE )
plot( BAoxll, pl.type="BA",, col.lines="blue",
      axlim=c(20,100), diflim=c(-40,40), xaxs="i", yaxs="i" )
par( new=TRUE )
plot( BAoxcll, pl.type="BA", col.lines="red",
      axlim=c(20,100), diflim=c(-40,40), xaxs="i", yaxs="i" )
par( new=TRUE )
plot( BAox, pl.type="BA", col.lines="gray", points=TRUE,
             axlim=c(20,100), diflim=c(-40,40), xaxs="i", yaxs="i" )


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### code chunk number 14: oxtrans.rnw:277-278
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DA.reg( ox, Trans="pctlogit" )


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### code chunk number 15: oxtrans.rnw:286-293
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system.time(
MCoxl <- MCmcmc( ox, bias="lin", random=c("mi","ir"), n.iter=5000,
                 Trans="pctlogit" ) )
MethComp( MCoxl )
system.time(
ARoxl <- AltReg( ox, linked=TRUE, Trans="pctlogit", trace=FALSE ) )
MethComp( ARoxl )


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### code chunk number 16: comp-lin
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plot( BAoxl, pl.type="comp", points=TRUE, pch=16,
      axlim=c(20,100), diflim=c(-40,40), xaxs="i", yaxs="i" )
par( new=TRUE )
plot( ARoxl, pl.type="comp",, col.lines="blue",
      axlim=c(20,100), diflim=c(-40,40), xaxs="i", yaxs="i" )
par( new=TRUE )
plot( MethComp(MCoxl), pl.type="comp", col.lines="red",
      axlim=c(20,100), diflim=c(-40,40), xaxs="i", yaxs="i" )