### R code from vignette source 'milk.rnw'

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### code chunk number 1: milk.rnw:32-36
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library(MethComp)
data( milk )
str( milk )
head( milk )


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### code chunk number 2: milk.rnw:41-44
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mw <- to.wide( milk )
str( mw )
head( mw )


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### code chunk number 3: scat
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par( mgp=c(3,1,0)/1.6, mar=c(3,3,1,1) )
with( mw, plot( Trig ~ Gerber, pch=16,
                xlim=range(milk$y),
                ylim=range(milk$y) ) ) # Note: identical axes
abline(0,1)


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### code chunk number 4: default
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summary( milk )
milk <- Meth( milk )
str( milk )
summary(milk)
par( mgp=c(3,1,0)/1.6 )
plot( milk, var.names=TRUE )


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### code chunk number 5: BA1
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zz <- BA.plot( milk )


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### code chunk number 6: BA2
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par( mgp=c(3,1,0)/1.6, mar=c(3,3,1,3) )
BA.plot( milk, diflim=c(-1,1)/2 )


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### code chunk number 7: milk.rnw:133-135
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str( zz )
round( ftable( zz$Conv ), 3 )


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### code chunk number 8: milk.rnw:162-163
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summary( lm( I(Gerber-Trig) ~ I((Gerber+Trig)/2), data=mw ) )$coef


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### code chunk number 9: milk.rnw:189-190
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DA.reg(milk)


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### code chunk number 10: milk.rnw:232-234
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summary( lm( Trig ~ Gerber, data=mw ) )$coef
summary( lm( Gerber ~ Trig, data=mw ) )$coef


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### code chunk number 11: sc2
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par( mar=c(3,3,1,1), mgp=c(3,1,0)/1.6 )
with( mw, plot( Trig, Gerber, pch=16, xlim=c(0,7), ylim=c(0,7) ) )
with( mw, bothlines( Trig, Gerber ) )


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### code chunk number 12: milk.rnw:258-259
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with( mw, Deming( Trig, Gerber ) )


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### code chunk number 13: DA-BA
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par( mar=c(3,3,1,1), mgp=c(3,1,0)/1.6 )
BA.plot( milk, dif.type="lin", eqn=TRUE, digits=3, diflim=c(-1,1)/2 )


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### code chunk number 14: DA-conv
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par( mar=c(3,3,1,1), mgp=c(3,1,0)/1.6 )
BA.plot( milk, pl.type="conv", dif.type="lin", eqn=TRUE, digits=3 )
abline(0,1,col="red")