### R code from vignette source 'fat.rnw'

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### code chunk number 1: fat.rnw:23-25
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library(MethComp)
sessionInfo()


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### code chunk number 2: fat.rnw:56-62
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data(fat)
str(fat)
head(fat)
vis <- Meth( fat, 2,1,3,5 )
str(vis)
summary(vis)


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### code chunk number 3: sc1
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pw <- to.wide( vis )
par( mar=c(3,3,1,1), mgp=c(3,1,0)/1.6 )
with(pw, plot( SL ~ KL, pch=16, xlim=range(vis$y), ylim=range(vis$y) ) )
abline( 0,1 )


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### code chunk number 4: org
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plot( vis )


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### code chunk number 5: perm
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plot( perm.repl( vis ) )


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### code chunk number 6: BA
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par( mar=c(3,3,3,3), mgp=c(3,1,0)/1.6 )
BA.plot( vis )


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### code chunk number 7: fat.rnw:156-158
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DA.reg( vis )
DA.reg( perm.repl(vis) )


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### code chunk number 8: fat.rnw:166-167
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DA.reg( perm.repl(vis) )


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### code chunk number 9: BA.est
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( vis.est <- BA.est( vis, linked=FALSE ) )
vis.est$LoA


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### code chunk number 10: BA-mod
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par( mar=c(3,3,1,3), mgp=c(3,1,0)/1.6 )
BA.plot( vis, model=NULL )
abline( h=-vis.est$LoA[1:3], col="red" )


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### code chunk number 11: BA-cmp
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par( mar=c(3,3,1,3), mgp=c(3,1,0)/1.6 )
BA.plot( vis, diflim=c(-1.5,1.5), axlim=c(2,7),
         col.p=gray(0.7),col.l=gray(0.5), repl.conn=TRUE )
par(new=T)
BA.plot( mean(vis), diflim=c(-1.5,1.5), axlim=c(2,7), cex=0.6, col.p="blue" )